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마지막 편집일: 2005-9-29 7:21 pm (변경사항 [d])
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어쩌다 보니 돈이 형네에 빌붙게 된 페이지... 프로그램 강좌나 열어볼까요?
"I have drunk from wells I did not dig, I have been warmed by fires I did not build."
- American Indian Aphorism

잡기장


GAMESS GAUSSIAN JAGUAR CPMD
MolecularDynamics MonteCarlo ProteinFolding LigandDocking
유기합성 methodology 물리유기 ADMD

1. Package
1.1. GAMESS
1.1.1. 장점과 단점
1.1.2. 사용법
2. Theory
2.1. MD
2.2. MC
3. Biological Applications
3.1. protein folding
3.2. ligand docking
4. Organic Chemistry
4.1. 유기합성
4.1.1. 기본적인 방법론들
4.1.2. 천연물합성의 걸작들

1. Package

1.1. GAMESS

GAMESS는 General Atomic and Molecular Electronic Structure Software의 준말일 것이 거의 확실합니다.(정확히는 기억 못함) Gordon 그룹에서 HONDO 5.3 (버전이 맞나...)을 core로 하고, 거기에 여러 가지 프로그램들을 덧붙여 만들고 있습니다. Fortran 77로 짜여졌고, "GAMESS Project"라는 이름으로 Ames Lab.에서 한창 개발이 진행중입니다.
보통 말하는 GAMESS는 GAMESS-US라고도 일컬어지는데, 한 가지에서 갈라져 나간 GAMESS-UK가 또한 존재하기 때문에 그렇게 구분해서 불립니다. 현재 두 패키지는 많은 면에서 다릅니다. (GAMESS-US와 NWChem 정도의 차이라고 하면 감이 잡힐까요? ^^;;) 개인적인 소망으로는 GAMESS-UK에 들어가 있는 TURTLE 코드가 GAMESS-US에도 들어왔으면 합니다만... 흠... 지금으로선 좀 힘들 듯하군요.

1.1.1. 장점과 단점

모든 코드가 그렇듯, open source code이면 자신이 원하는 대로 고치는 것이 가능합니다. 걸려있는 제약(성능상의)이라든가, 작동하는 것 자체를 이리저리 뜯어고칠 수 있다는 게 엄청난 장점이죠. '만들어 가는 재미'를 추구하는 사람이라면 얼마든지 그를 즐길 수 있습니다.

단점으로는 역시 상용 프로그램에 비해서는 성능이 떨어진다는 것이지요. Gaussian과 GAMESS를 동시에 써본 입장에서 말하자면, GAMESS 배포판은 SCF iteration 과정에서 무한 loop를 도는 경우가 있고, frequency/hessian matrix 계산도 Gaussian에 비해 '효율적이지는' 않으며, TS optimization에서는 mode following하는 것이 덜 smart하다는 것이 단점으로 꼽혔습니다. 여러 조건을 설정하고 그에 따라 방법을 이리저리 바꾸는 게 아니라, 한두 가지 조건을 갖고 밀고나가는 루틴에서 문제가 발생하는 것이지요.

그러므로, 내부를 뜯어고쳐 자신만의 계산방법을 implement하기에는 GAMESS가 최적이겠지만, 패키지를 편하게 돌리려는 사람에게는 Gaussian이나 Jaguar가 훨씬 나은 선택이겠지요. 저로서는 Jaguar를 우선 추천하겠습니다만...

1.1.2. 사용법

여기에서는 input을 짤 때 저지르기 쉬운 실수들을 중심으로 진행하도록 한다. GAMESS 매뉴얼은 배포판에서 기본적으로 제공되지만, 그를 읽기 싫은 사람을 위하여 각 block에 대한 간단한 설명을 곁들이도록 하겠다.

ToBeDeleted

ToBeDeleted

ToBeDeleted

2. Theory

2.1. MD

2.2. MC

3. Biological Applications

3.1. protein folding

3.2. ligand docking

4. Organic Chemistry

4.1. 유기합성

유기합성은 주로 천연물합성 혹은 전합성을 말합니다. 약(drug)과 같은 간단한 분자를 합성하는 것 역시 넓게 보자면 유기합성의 영역에 들어가야 마땅하지만, 학문의 범주로 보자면 전합성(total synthesis) 혹은 부분합성(partial / facile synthesis)을 말합니다. 단순히 분자를 만드는 것만이 아니라, 어떤 과정을 거쳐 만들어 나가는지 그 논리 또한 중요시하기 때문입니다.
유기합성은 밑에 열거되어 있는 것들보다는 덜 원론적인 것으로 여겨질 수도 있습니다. 물론 합성이 단순히, 이전에 확립된 방법론과 반응들을 이용한 '노가다'로서 끝나버린다면 아무런 원리도 없는 것입니다. 그러나 단순화된 분자를 놓고 탐구된 methodology에서는 발견할 수 없는 많은 현상들이 전합성의 과정 중에 밝혀졌고, 전합성의 필요에 의해 asymmetric synthesis가 크게 발전한 것은 부인할 수 없는 사실이지요. 게다가 전합성을 통해 천연물의 구조를 확립하는 것만큼 확실한 구조 규명 방법은 x-ray crystallography 이외에는 아직 없습니다.
사견(私見)을 밝히자면, 유기합성이야말로 화학을 전공한 사람이라면 누구나 한 번쯤은 꿈꾸어 보아야 마땅할 ART라고 생각합니다.

4.1.1. 기본적인 방법론들

여기에 정말 기본적인 것들은 적지 않을 것입니다. 그에 대해서는 다른 유기화학 교과서나 별도의 페이지를 참고하시길 바랍니다.

4.1.2. 천연물합성의 걸작들

걸작이란 제목에 손색이 없을만치 멋진 합성들을 모아볼 예정입니다. '멋지다'는 기준은 전적으로 페이지 관리자가 정합니다. 태클걸지 마시길~
물리이론 방에 있는 학생이 뭐하는 짓이냐고 힐난하실 분들도 계실 지는 모르지만, 여가선용이라고 봐주시면 무방합니다. 이 합성과정을 보고 있노라면 한편으로는 자신이 그것을 다 아는 양 기분이 좋아지기도 하고, 한편으로는 천연물 자체의 아름다움에 매료되기도 하기 때문입니다.
모이는 대로 올리기로 하겠습니다.

methodology

물리유기

ADMD


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